Applications et services

CAPA possède une vaste expérience dans l'identification et la quantification de protéines à différents niveaux d'expression à partir d'un assortiment de matrices biologiques, y compris la culture cellulaire et les tissus. Les quatre flux de travail génériques répertoriés ci-dessous sont généralement utilisés pour l'identification et la quantification des protéines. Des flux de travail personnalisés peuvent être développés sur demande. Veuillez spécifier le type de flux de travail et vous référer aux prix lors de la commande.

Nous pouvons identifier les protéines à partir de bandes de gel excisées par SDS-PAGE, de spots de gel 2D, de fractions purifiées par HPLC ou d'échantillons immuno-purifiés. Les échantillons doivent être fournis sans tampon ni détergent lorsque cela est possible. Nous procéderons à une réduction/alkylation et à une digestion par la trypsine ou une autre enzyme sur demande (voir rubrique protocoles). Les données brutes LC-MS/MS seront traitées à l'aide de Mascot, PEAKS ou Maxquant. Les résultats de l'identification des protéines seront fournis sous forme de fichier Scaffold pour faciliter l'examen des données ; Le logiciel Scaffold peut être téléchargé sous forme de visionneuse de démonstration gratuite sur proteomesoftware.com.

L'analyse des peptides majeurs d'histocompatibilité de classe I (CMH I) à partir de cellules présentatrices d'antigènes par LC-MS a été l'une des applications originales développées par le groupe du Dr Pierre Thibault à l'IRIC. En étroite collaboration avec le Dr Claude Perreault, CAPA a développé une expertise unique dans le profilage des peptides CMH I provenant de cellules normales et cancéreuses. Grâce à nos flux de travail instrumentaux et bioinformatiques combinés, le séquençage et la quantification à haut débit des peptides du CMH I peuvent donner lieu à des informations uniques sur la génération du répertoire peptidique du CMH dans les cellules normales et néoplasiques. L'étude de l'immunopeptidome s'est révélée avoir un grand potentiel dans la découverte d'approches immunothérapeutiques plus efficaces contre le cancer.

• Pour l'identification et le séquençage des peptides du CMH, un minimum de 100 à 500 millions de cellules est requis. Les peptides du CMH sont isolés de la surface cellulaire en utilisant soit une élution acide douce, soit une purification par immunoaffinité des protocoles du complexe MHC I développés et validés au CAPA.
• L'extrait cellulaire est ensuite préparé par ultrafiltration avec des filtres à coupure MW et par dessalage par extraction en phase solide. L'analyse est effectuée par LC-MS/MS haute résolution. Les fichiers RAW acquis sont traités à l'aide du studio PEAKS et le score de liaison à la molécule CMH de classe I est prédit avec NetMHCcons

L'interaction des protéines est essentielle dans tous les processus et régulations cellulaires. Caractériser les contacts topologiques exacts entre les protéines est une étape importante pour mieux comprendre la fonction biologique, ainsi que pour déterminer le mécanisme d'action (MoA) dans le développement de médicaments thérapeutiques. Au CAPA, nous avons développé trois approches basées sur la spectrométrie de masse pour aider les chercheurs à mieux comprendre la nature des IPP dans leurs échantillons. Les trois flux de travail sont résumés ci-dessous:

Les modifications post-traductionnelles (PTM) des protéines augmentent à la fois la diversité et la complexité du protéome. CAPA a développé des protocoles et des flux de travail spécialisés pour identifier et quantifier les PTM sur une large plage dynamique. Nos méthodologies actuelles pour l'enrichissement en PTM comprennent la phosphorylation, l'acétylation, l'ubiquitination et la sumoylation. Veuillez vous renseigner pour d'autres PTM et/ou protocoles personnalisés pour répondre aux besoins de votre application.

Différentes approches chimioprotéomiques sont disponibles pour l'identification précoce des cibles. Ces approches sont regroupées en deux catégories :

1. Profilage à l'échelle cellulaire de l'abondance des protéines et/ou de la modification des protéines lors de l'exposition au composé
2. Chimioprotéomique ciblée utilisant le profilage de cibles basé sur l'activité ou l'affinité avec des sondes chimiques pour enrichir des sous-ensembles spécifiques du protéome cellulaire

Pour faciliter l'identification de cibles protéiques interagissant avec les composés bioactifs issus des campagnes de criblage à haute teneur (HCS) et pour valider indépendamment les cibles candidates identifiées par la chimiogénomique, CAPA propose deux stratégies chimioprotéomiques quantitatives: la capture par affinité des protéines cibles et le déplacement thermique cellulaire. Ces stratégies s'appuient sur l'expertise de l'IRIC en chimie médicinale et en protéomique quantitative pour profiler les changements dans l'abondance des protéines en fonction de la capture par affinité de cibles protéiques sur des billes fonctionnalisées ou des changements induits par un ligand dans la stabilité thermique des protéines.